Erken fungisitler, aralarında kükürt tozu ve bakır müstahzarlarının (bkz. Bordeaux karışımı) bugün hala kullanıldığı inorganik bileşiklerdi. 1914'te Almanya'dan I. Reem, buğday isini kontrol etmek için ilk kez organik cıva bileşiklerini kullandı ve bu, organik fungisitlerin gelişiminin başlangıcı oldu.
1934'te WH Tisdale ve Amerika Birleşik Devletleri'ndeki diğerleri, dimetil ditiyokarbamatın bakterisidal özelliklerini keşfetti. O zamandan beri organik fungisitler hızla gelişmeye başladı. 1940'larda ve 1950'lerde geliştirilen üç ana organik kükürt fungisit serisi vardır: tiramlar, disonlar (çinko disonlar gibi) ve triklorometiltiyodimetilkarboksimitler. Ayrıca organik klor, organik cıva, organik arsenik fungisitleri de geliştirilmiştir. Bu fungisitlerin çoğu koruyucu maddelerdir ve uygulamada sınırlamaları vardır.
1960'lardan bu yana, daha fazla kimyasal fungisit türü ortaya çıkmıştır ve en önemli ilerleme, sistemik fungisitlerin ortaya çıkmasıdır.
1965'te Japonya, organofosfor mantar ilacı Daobenjing'i geliştirdi. 1966'da Amerika Birleşik Devletleri wisterin'i geliştirdi. 1967'de Amerika Birleşik Devletleri benomil geliştirdi. 1969'da Japonya tiyofanatı geliştirdi. Tricyclazole Amerika Birleşik Devletleri'nde 1977'de, metalaxyl İsviçre'de ve alüminyum trietilfosfat 1978'de Fransa'da geliştirildi. Yukarıdakilerle temsil edilen sistemik ajanlar, 1970'lerden beri fungisit geliştirmenin ana akımı haline geldi. Aynı zamanda tarımsal antibiyotikler de hızla gelişmiştir. Organik cıva, organik arsenik ve bazı organik klor mantar öldürücüler, toksisite veya çevre kirliliği nedeniyle kademeli olarak kullanımdan kaldırılıyor. Yeni nesil sistemik ajanlar, iyileştirilmiş kontrol etkileri nedeniyle fungisit pazarını daha da genişletmiştir. 1980'lerde 200'den fazla fungisit çeşidi vardı. Araştırmaya göre, 1985 yılında dünyadaki fungisit satışları 2,54 milyar ABD dolarına ulaştı ve toplam pestisit satışının yüzde 18,4'ünü oluşturdu.
1984 yılında fungisitlerdeki sistemik ajanların satışı yüzde 44,2'yi ve sistemik olmayan ajanların satışı yüzde 55,8'i oluşturuyordu. Yaklaşık yarım asırdır, fungisitlerin gelişimi esas olarak mantar hastalıklarının önlenmesine ve tedavisine yönelik ajanlara odaklanırken, bakteri ve virüslerin neden olduğu hastalıkların önlenmesine ve tedavisine yönelik ajanların araştırılması ve geliştirilmesi hala yetersizdir. 1950'lerden beri Çin, esas olarak koruyucu fungisitler geliştirmiştir. 1970'lerden itibaren sistemik fungisitler ve zirai antibiyotikler geliştirmeye başlamış ve organik cıva ajanlarını kullanmayı bırakmıştır. Fungisitlerin uygulama teknolojisi nispeten karmaşık olduğundan, gelişme hızı insektisitlerinki kadar hızlı değildir. Bununla birlikte, fungisitlerin tarımsal üretim üzerindeki koruyucu etkisi çiftçiler tarafından giderek daha fazla kabul görmektedir. Çin tarımının modernleşmesiyle birlikte fungisitlerin gelişimi kaçınılmaz olarak hızlanacaktır.